Merkez bünyesinde öncelikle ilimiz sınırları içerisinde, akabinde ülkemizde ve yakın coğrafyamızda çocukların sağlıklı bir şekilde doğabilmeleri ve daha iyi bir hayat kalitesine sahip olabilmeleri için tanı konulabilir, tedavi edilebilir doğumsal hastalıkların tanısını koyabilmek, gebelik süresince  gebelerin/hasta yakınlarının takibini ve yönlendirmesini yapabilmek, cerrahi müdahale gerekliliği olan durumlarda müdahale zamanını ve yöntemini tespit ederek uygulayabilmek, güncel olarak uygulanan yaklaşımların dışında yeni tanı ve tedavi yöntemleri geliştirebilmek, doğumsal anomalilere yaklaşımı tedavi hizmetlerinden önleyici sağlık hizmetlerine değiştirmek, disiplinler arası ve çok merkezli ulusal ve uluslararası çalışmaları organize etmek, tanı ve tedavide kullanılacak tıbbi cihazlar geliştirmek vb. faaliyetlerle merkezin Avrupa, Asya ve Afrika kıtaları arasında bir bilgi ve teknoloji üretim merkezi olmasını sağlamak.